Software libre enfocados en diversos campos de las ciencias biológicas

Miguel Angel Alcalde-Alvites

Resumen


El desarrollo de software y programas como herramientas en bioinformática continúa en auge debido a la gran cantidad de información biológica obtenida en los últimos años y que debe ser objeto de análisis. Muchos de estos software se enfocan en bases de datos biológicos, análisis de secuencias, anotación de genomas, evolución biológica computacional, medición de la biodiversidad, análisis de la expresión y regulación génica, genómica comparativa, predicción de la estructura de las proteinas, modelado de sistemas biológicos, acoplamiento molecular, entre otros. En este artículo se presenta una lista de software libre acompañados de una breve descripción de sus bondades y utilidad para conocimiento de la comunidad académica o interesada en estudios bioinformáticos en Perú. El trabajo es resultado de una búsqueda en bases de datos importantes que tienen en línea una serie de herramientas de utilidad valiosa para los estudios biológicos y que ha revolucionado el campo bioinformático; siendo este un estudio documental, se presenta el análisis de la revisión de la literatura por un periodo de once años, tiempo en el que tuvo una mayor incidencia la aplicación de la bioinformática en biología. Palabras Clave: Bioinformática, software libre, Biología, ciencias ómicas, tecnología.


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Referencias


Alcalde-Alvites, M. (2014). Bioinformática: tecnologías de

la información al servicio de la biología y otras ciencias. Hamut’ay,

(2), 34-43.

Barahona, J. (2011). El concepto de software libre. Revista

tradumàtica: traducció i tecnologies de la informació i la comunicació, (9), 5-11.

Biasini, M., Bienert, S., Waterhouse, A., Arnold, K., Studer,

G., Schmidt, T., y Schwede, T. (2014). SWISS-MODEL:

modelling protein tertiary and quaternary structure using

evolutionary information. Nucleic acids research, gku340.

Cañedo, R., y Arencibia, J. (2004). Bioinformática: en busca

de los secretos moleculares de la vida. Acimed, 12(6), 1-1.

Herrera, J. (s/n). El Software Libre en Bioinformática. Recuperado

de: http://www.arareko.net/bioinformatics/free_

software/index.pdf.es.pdf

Dias, D. (2011). Estrategia de solución al problema de la

anotación de secuencias de ADN mediante la metodología CommonKADS. Trabajo de fin de Master, Universidad

Complutense de Madrid. Recuperado de: http://eprints.

ucm.es/13062/1/TFM-IA-DanielaDiasXavier.pdf

Funahashi, A., Tanimura, N., Morohashi, M., & Kitano,

H., (2003) CellDesigner: a process diagram editor for gene-

regulatory and biochemical networks, BIOSILICO, 1

(5), 159-162. Recuperado de: http://openwetware.org/images/

c/c0/Funahashi.pdf

Gilbert, D. (2004). Bioinformatics software resources. Briefings

in bioinformatics, 5(3), 300-304.

Hubbard, T., Barker, D., Birney, E., Cameron, G., Chen, Y.,

Clark, L., ... & Durbin, R. (2002). The Ensembl genome

database project. Nucleic acids research, 30(1), 38-41.

Kumar, S., & Dudley, J. (2007). Bioinformatics software

for biologists in the genomics era. Bioinformatics, 23(14),

-1717.

Kumar, S., Nei, M., Dudley, J., & Tamura, K. (2008).

MEGA: a biologist-centric software for evolutionary analysis

of DNA and protein sequences. Briefings in bioinformatics,

(4), 299-306.

Librado, P. y Rozas, J. (2009). DnaSP v5: A software for

comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics

: 1451-1452.

Luscombe, N. M., Greenbaum, D., & Gerstein, M. (2001).

What is bioinformatics? A proposed definition and overview

of the field. Methods of information in medicine, 40(4),

-358.

Maestre, J. (2010). Análisis de datos de MicroArrays. Treball

Final de Carrera en Enginyeria Informàtica. Universidad Politecnica

de Valencia i Ibime (Informática Biomédica), 1-54.

Perezleo, L., Arencibia Jorge, R., Conill, C., Achón, G., y

Araújo, J. (2003). Impacto de la bioinformática en las ciencias

biomédicas. Acimed, 11(4), 0-0.

Ramirez, M., Rojas-Quintero, C. A., & Vera-Parra, N. E.

(2015, June). RNA-Seq UD: A bioinformatics plattform for

RNA-Seq analysis. In Information Systems and Technologies

(CISTI), 2015 10th Iberian Conference on (pp. 1-5).

IEEE.

Sala, H. E., & Núñez Pölcher, P. N. (2014). Software Libre

y Acceso Abierto: dos formas de transferencia de tecnología.

Revista Iberoamericana de Ciencia, Tecnología y Sociedad,

(26),

Vera, S., Jiménez, P. y Franco-Lara, L. (2012) Uso de herramientas

bioinformáticas en la evaluación de secuencias

“dna barcode” para la identificación a nivel de especie. Revista

de Facultad de ciencias básicas, 8 (2), 196-209. http://

www.google.com.pe/url?url=http://www.umng.edu.co/

documents/10162/3468353/ARTICULO3.pdf&rct=j&-

frm=1&q=&esrc=s&sa=U&ved=0ahUKEwiAyeb2oqrNAhVFLB4KHS8WAjIQFggTMAA&

sig2=3nX5IZrrc5aR-

gr8pQddKQ&usg=AFQjCNFdtBX7C1oF_qlYOiINf_

g64Va9Xq

Villarreal, H., Álvarez, M., Córdoba, S., Escobar, F., Fagua,

G., Gast, F., y Umaña, A. (2006). Métodos para el análisis

de datos: una aplicación para resultados provenientes de caracterizaciones

de biodiversidad. Manual de Métodos Para

el Desarrollo de Inventarios de Biodiversidad. Instituto de

Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt,

Bogotá, Colombia, 185-226.

Young, K. M. (2000). Informatics for healthcare professionals.

FA Davis Company.




DOI: http://dx.doi.org/10.21503/hamu.v3i1.1000

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